Jacco Verhaeren coachte en begeleidde onder andere Pieter van den Hoogenband, Inge de Bruijn en de estafettedames naar meerdere Olympische titels. Al op jonge leeftijd ging hij de samenwerking aan met Pieter van den Hoogenband. Voor zowel Jacco als Pieter was het een ontdekkingstocht. Beiden weinig ervaren, maar samen een ijzersterke combinatie.
Pieter van den Hoogenband ontwikkelde zich onder leiding van Jacco Verhaeren naar de internationale top, met als hoogtepunt het winnen van de 100 meter vrije slag tijdens de Spelen van Sydney in 2000. Ook Inge de Bruijn zwom enige tijd onder zijn leiding. Jacco Verhaeren is kritisch, straight en resultaatgericht. Hij ergert zich dagelijks aan de topsportcultuur in Nederland, of zoals hij dat vindt juist het ontbreken daarvan. Sporters en coaches die relativeren vindt hij het ergste wat er is. Eigenschappen waarom Jacco Verhaeren veelal wordt geprezen, zijn zijn nuchterheid, eerlijkheid en zijn creativiteit.
Vanaf 2006 is Jacco technisch directeur bij de Nederlandse Zwembond (KNZB). Hier stuurt hij zowel het trainingscentrum in Amsterdam en het centrum in Eindhoven aan. Daarnaast neemt hij vanaf 2009 ook zitting in de Technische Commissie van de FINA, die zich met name richt op de ontwikkeling van de algehele zwemsport.
Eind 2012 besluit Jacco zich compleet te focussen op zijn taak als technisch directeur en te stoppen met het coachen van zwemmers. Vanuit zijn functie als technisch directeur houdt Jacco zich bezig met een nieuwe visie op diplomazwemmen, talentontwikkeling en organisatie & beleid van het Nederlands zwemmen. In januari 2014 trad hij in dienst als bondscoach van de Australische zwembond.
