Björn Kuipers leerde voetballen bij Quick ’20, maar volgde al gauw in zijn vaders voetsporen door zich verder te ontwikkelen als scheidsrechter. Tijdens de wedstrijd Telstar-FC Eindhoven maakte hij zijn officiële debuut in het betaald voetbal.
In 2005 floot Björn zijn eerste wedstrijd in de Nederlandse Eredivisie tijdens de wedstrijd Vitesse-Willem II. Vanaf dat moment komt zijn scheidsrechterscarrière in een stroomversnelling. Zo maakte hij zijn internationale debuut in 2006 tijdens de wedstrijd Rusland-Bulgarije (U17). Een jaar later heeft hij zijn debuut als scheidsrechter in de Europa League tijdens de wedstrijd NK Varteks-KF Tirana. De eerste wedstrijd die Björn in de Champions League mocht fluiten was Barcelona-Dynamo Kiev in 2009.
In 2012 floot Björn zijn eerste twee wedstrijden op een mondiaal toernooi tijdens het EK in Ukraïne en Polen. Het jaar 2013 werd een speciaal jaar voor Björn. Hij was de scheidsrechter bij de halve finale van de Champions League tussen Barcelona en Bayer Munchen en bij de finale van de Europa League in Amsterdam tussen Chelsea en Benfica.
