Björn Kuipers leerde voetballen bij Quick ’20 maar volgde al gauw in zijn vaders voetsporen door zich verder te ontwikkelen als scheidsrechter. Björn maakt tijdens de wedstrijd Telstar – Fc Eindhoven zijn officiële debuut in het betaald voetbal. Op 5 maart 2005 fluit Björn zijn eerste wedstrijd in de Nederlandse Eredivisie tijdens de wedstrijd Vitesse – Willem II. Vanaf dat moment komt Björn zijn scheidsrechterscarrière in een versnelling. Zo maakt in zijn internationale debuut op 28 maart 2006 tijdens de wedstrijd Rusland – Bulgarije (U17) waarna hij zijn Europa League debuut maakt op 13 juli 2007 tijdens de wedstrijd NK Varteks – KF Tirana. De eerste wedstrijd die Björn in de Champions League mocht fluiten was Barcelona – Dynamo Kiev op 29 november 2009. In 2012 fluit Björn zijn eerste twee wedstrijden op een mondiaal toernooi tijdens het EK in Ukraïne en Polen. Het jaar 2013 is een speciaal jaar voor Björn. Zo mocht hij de halve finale van de Champions League tussen Barcelona en Bayer Munchen fluiten en de finale van Europa League in Amsterdam tussen Chelsea en Benfica.